Skovgaard Museet er en selvejende institution med en selvstændig bestyrelse.
Museets hovedtilskudsgiver er Viborg Kommune.
Museet får desuden statsstøtte som statsanerkendt kunstmuseum.

Museets Bestyrelse

Gregers Johansen, formand

Lene Klemensen Gade

Pia Viller Arendt

Lars Munkøe

Minna Due Jensen

Christian Lützen