Skovgaard Museet er en selvejende institution med en selvstændig bestyrelse.
Museets hovedtilskudsgiver er Viborg Kommune.
Derudover får museet statsstøtte som et statsanerkendt kunstmuseum.

Museets Bestyrelse

Christian Lützen, formand

Lene Klemensen Gade

Pia Viller Arendt

Lars Munkøe

Henrik Zacho